四川科倫藥業股份有限公司卓越的研發、生產能力，一流的經營管理水平和杰出的貢獻得到各級黨政領導以及社會各界的充分肯定，歷年來榮獲的省市級以上榮譽稱號和資質證書達數十種之多 。

　　2009年10月30日，科學技術部批準公司組建“國家大容量注射劑工程技術研究中心”，并被列入2009年國家工程技術研究中心首批組建項目計劃;2009年11月6日，公司經國家發改委、科學技術部、財政部、海關總署、國家稅務總局聯合審定為“國家認定企業技術中心”;2011年4月，公司被國家科技部、國務院國資委、中華全國總工會聯合審定為“國家第三批創新型企業”;2011年6月，公司被工業和信息化部、財政部聯合認定為首批“國家技術創新示范企業”，成為四川省內唯一獲此殊榮的醫藥企業;2011年11月，國家發改委批準公司組建“國家地方聯合工程實驗室”;2013年，公司被國家工信部評定為首批“工業品牌培育示范企業”、“國家級信息化和工業化深度融合示范企業”，被國家工商總局評定為“守合同重信用企業”;2014年5月，公司被國家工信部認定為“兩化融合管理體系貫標試點企業”，成為四川省唯一獲此殊榮的醫藥企業。2015年1月，公司作為“新型直立式聚丙烯醫用輸液袋制造技術與產業化”項目主要完成單位，榮獲2014年度“國家科學技術進步獎”;2015年9月，公司被國家工信部評為“2015年全國工業企業質量標桿”;2017年8月，公司被國家工信部評為“2017年兩化融合管理體系貫標示范企業”；2018年1月，國家生態環境部批復同意科倫藥業子公司伊犁川寧生物有限公司開展國家環境保護抗生素菌渣無害化處理與資源化利用工程技術中心，同時，四川科倫藥業股份有限公司及子公司伊犁川寧生物技術有限公司、湖南科倫制藥有限公司還分別獲批國家工信部綠色制造體系示范(綠色工廠)；2018年8月，公司通過日本PMDA的GMP認證，標志著公司產品獲得了在日本銷售的準入資格；同年11月，公司憑借大容量注射劑全球銷量領先的優勢獲批工信部第三批單項冠軍示范企業。2019年，公司被人力資源社會保障部、中國工會、中國企聯/企業家協會、全國工商聯評為“全國模范勞動關系和諧企業”；2020年，子公司青山利康被認定為“國家企業技術中心分中心”；2021年，公司入選國家產教融合型企業；湖南科倫獲評工信部“2021年度智能制造示范工廠”；2022年，經國家發改委批復同意，由科倫博泰牽頭成立生物靶向藥物國家工程研究中心。